Réunion

Jeudi 27 mars (matin)

8h45-9h10 : Accueil et introduction

9h10-10h00 : Conférence invitée

• “Imagerie structurelle 3D de tissus riches en collagène par microscopie SHG polarimétrique”

Marie-Claire Schanne-Klein

LOB, CNRS, Ecole Polytechnique, Inserm, Institut Polytechnique de Paris

Résumé : La microscopie par génération de seconde harmonique (SHG) permet d’imager le collagène fibrillaire, protéine structurelle essentielle chez les mammifères, sans aucun marquage et avec une sensibilité inégalée. Mais ce signal SHG reste compliqué à interpréter du fait de sa nature cohérente et de l'hétérogénéité du collagène dans les tissus. Il est donc nécessaire de développer des approches polarimétriques pour caractériser plus précisément l'organisation 3D du collagène.

10h00-11h20 : Imagerie pour la biologie - Chair : N. Verrier

• “Assessment of the mechanical properties of biological tissue using Single-shot Off-axis FF-OCT (SO-FF-OCT) combined with shear wave elastography”

Emmanuel Martins Seromenho¹, Maud Legrand¹, Nina Dufour¹, Jesse Schiffler¹, Hamideh Salehi¹, Vincent Maioli¹, Sybille Facca^{1, 2}, Nadia Bahlouli¹, Amir Nahas¹

¹ICube Research Institute, CNRS - University of Strasbourg, 67000 Strasbourg, France

²Department of Hand Surgery, University Hospital of Strasbourg, 67000 Strasbourg, France

• “Retinal arteriovenous contrast analysis using Doppler holography”

Yann Fischer¹, Zacharie Auray¹, Olivier Martinache¹, Michael Atlan¹

¹Institut Langevin, CNRS UMR 7587, PSL University, ESPCI Paris

• "3D MERFISH : un pipeline pour l'analyse de transcriptomique spatiale"

H. Blanc¹, Z. Nie¹, M. Bouchet¹, N. Ducros², J. Enriquez¹

¹IGFL, CNRS UMR 5242, UCBL1, INRA USC1370, ENS de Lyon, Lyon, France

²CREATIS UMR 5220, U1294, F-69621, Lyon, France

• “Imagerie de speckle pour l'élastographie endoscopique avec une méthode inspirée de la corrélation de bruit”

Maud Legrand¹, Nina Dufour¹, Emmanuel Martins Seromenho¹, Nadia Bahlouli¹, Amir Nahas¹

¹Université de Strasbourg, CNRS, ICube UMR 7357, 67000 Strasbourg, France

11h20-11h35 : Pause + Posters

11h35-12h35 : "Polarisation" - Chair : F. Galland

• “Multi-Modal Neural Rendering of Transparent Objects using Color and Polarimetric images”

Camille Taglione¹, Carlos M Mateo², Christophe Stolz¹

¹VIBOT-ImViA Université de Bourgogne, 12 Rue de la Fonderie, 71200 Le Creusot, France

²ICB UMR CNRS 6303, Université de Bourgogne, 9 Av. Alain Savary, 21000 Dijon, France

• “Frustration de la cohérence en lumière partiellement polarisée”

Philippe Réfrégier¹, Julien Fade¹

¹Aix Marseille Univ, CNRS, Centrale Méditerranée, Institut Fresnel, Marseille, France

• “Contrôle du port de la ceinture de sécurité par imagerie polarimétrique”

Eya Rjiba^{1, 2}, Enrique Garcia-Caurel³, Matthieu Boffety¹, Yvan Sortais¹

¹Université Paris-Saclay, Institut d'Optique Graduate School, CNRS, Laboratoire Charles Fabry, 91127, Palaiseau,France

²FARECO, FAYAT group, 92230, Gennevilliers, France

³LPICM, CNRS, Ecole Polytechnique, Université Paris-Saclay, 91128, Palaiseau, France

12h35-14h00 : Déjeuner

Jeudi 27 mars (après-midi)

14h00-14h50 : Conférence invitée

• "Acquisition interférométrique compressive : de l'imagerie sans lentille au beamforming aléatoire en radioastronomie”

Laurent Jacques

ISPGroup, ICTEAM/INMA, UCLouvain

Résumé : Dans cette présentation, nous étudierons les propriétés d'un modèle d'acquisition d'image spécifique rencontré dans deux applications d'imagerie compressive distinctes : l'imagerie sans lentille à pixel unique avec fibre optique multicœur (MCF-LI) pour l'imagerie biologique, et la radio-interférométrique par beamforming aléatoire (RB-RI) en radioastronomie. Ce modèle commun est basé sur la collection de projections aléatoires de rang unité (ROP) d'une « matrice interférométrique » codant un échantillonnage partiel de Fourier d'une image d'intérêt. Pour la MCF-LI, la projection de cette matrice est assurée par des modèles d'illumination cohérents aléatoires programmés, tandis que pour la RB-RI, elle est fournie par le beamforming des antennes, une technique courante de déphasage de leurs signaux généralement utilisée pour se concentrer sur une région du ciel. Dans les deux scénarios, nous montrerons théoriquement et expérimentalement que, sous certaines conditions, l'image d'intérêt peut être estimée avec précision à partir d'un nombre de projections qui évolue linéairement (à des facteurs logarithmiques près) avec la complexité de l'image, c'est-à-dire son niveau de parcimonie.

Ce travail est réalisé en collaboration avec O. Leblanc, M. Hofer , S. Sivankutty, H. Rigneault, T. Chu et Y. Wiaux.

14h50-15h50 : Reconstruction d'images - Chair : C. Kulcsár

• “3D Reconstruction of Refractive Index Maps Using Dual View Tomographic Diffractive Microscopy”

Carlos Alberto Chacón Ávila¹, Nicolas Verrier¹, Matthieu Debailleul¹, Olivier Haeberlé¹

¹Université de Haute-Alsace, IUT Mulhouse, IRIMAS UR UHA 7499, France

• “Tomographie par spectroscopie d'absorption laser pour la cartographie de température et d'espèces chimiques en combustion”

Claire Birot¹, Gautier Vilmart¹, Christophe Brossard¹, Aurélien Plyer², Myriam Raybaut¹, Frédéric Champagnat²

¹DPHY, ONERA, Université Paris-Saclay, 91120, Palaiseau, France

²DTIS, ONERA, Université Paris-Saclay, 91120, Palaiseau, France

• “Algorithmes itératifs de reconstruction de phase pour des systèmes optiques aberrés avec PSF variable dans le champ”

Corinne Fournier¹, Dylan Brault^{1, 2}, Tatiana Latychevskaia^2,3

¹Université Jean Monnet Saint-Etienne, CNRS, Institut d'Optique Graduate School, Laboratoire Hubert Curien UMR 5516, 42023, Saint-Etienne, France

²PSI Center for Life Sciences, 5232 Villigen PSI, Switzerland

³Department of Physics, University of Zurich, Winterthurerstrasse 190, 8057 Zurich, Switzerland

15h50-16h05 : Pause + Posters

16h05-16h45 : Co-design - Chair : A. Fontbonne

• “Adaptive optics assisted imager co-design for space observation from the ground”

Florian Cheyssial¹, Laurent Mugnier¹, Cyril Petit¹

¹DOTA, ONERA, 29 avenue de la Division Leclerc, 92320 Châtillon, France

• “Co-conception pour l'extension de profondeur de champ en microscopie super-résolue de localisation : validation expérimentale du modèle en présence d'aberrations”

Wen Ruan¹, Marie-Anne Burcklen¹, Quentin Gresil², Laurent Cognet², Caroline Kulcsár¹, François Goudail¹

¹Laboratoire Charles Fabry, Institut d'Optique Graduate School, CNRS, Université Paris-Saclay, 2 Avenue Augustin Fresnel, 91127 Palaiseau, France

²Laboratoire Photonique, Numérique et Nanosciences, Institut d'Optique Graduate School, CNRS, Université de Bordeaux, 1 Rue François Mitterrand, 33400 Talence, France

16h45-17h45 : Imagerie hyperspectrale I - Chair : M. Dalla-Mura

• “Microscopie hyperspectrale mono-pixel”

Lisa Uguen¹, Gaspard Russias¹, Sofian Helmer¹, Denis Tregoat¹, Stéphane Perrin¹

¹Biophotonics Group, Photonics Bretagne, 4 Rue Louis de Broglie, FR-22300 Lannion

• “Approche variationnelle pour l'imagerie hyperspectrale mono-pixel”

Séréna Hariga¹, Nicolas Ducros^{1, 2}, Audrey Repetti³, Jérémy E. Cohen¹

¹INSA-Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, Inserm, CREATIS UMR 5220, U1294, F-69621, LYON, France

²Institut universitaire de France (IUF), France

³Maxwell Institute for Mathematical Sciences & MACS, Heriot-Watt University, Edinburgh, UK

• “Precise Hyperspectral Imaging-based Reading of the Tuberculin Skin Test”

Ajibola S. Oladokun¹, Bessie Malila¹, Vincent Nourrit^{3, 4}, Tinashe Mutsvangwa^{1, 2, 4}

¹Division of Biomedical Engineering, University of Cape Town, Cape Town, South Africa

²Data Science Department, IMT Atlantique, Brest, France

³Optics Department, IMT Atlantique, Brest, France4 Laboratory of Medical Information Processing, Latim INSERM UMR1101, IMT Atlantique, Brest, France

17h45-18h30 : Session Posters

Vendredi 28 mars (matin)

8h30-9h00 : Accueil

9h00-9h50 : Conférence invitée

• “Impact des techniques neuronales pour la microscopie computationnelle"

Bernadette Dorizzi

SAMOVAR, Télécom SudParis, Institut Polytechnique de Paris

Résumé : Cet exposé s'attachera à décrire l'intérêt des techniques de réseaux de neurones pour la microscopie computationnelle. Nous illustrerons notre propos dans le cas de la FPM (Microscopie Ptychographique de Fourier) où nous détaillerons plusieurs aspects. Notamment, nous avons pu quantifier l'apport de la phase en plus de l'intensité pour l'analyse de frottis sanguins colorés. La reconstruction pour un nombre réduit de LEDs a été aussi possible grâce à un modèle de réseaux de neurones physics-informed profitant à la fois des capacités d'optimisation et d'apprentissage de ces approches.

9h50-10h50 : "Apprentissage" - Chair : C. Fournier

• “Méthode d'apprentissage auto-supervisée informée par la physique pour la reconstruction en microscopie holographique numérique"

Félix Riedel¹, Dylan Brault^1,2, Corinne Fournier¹, Thomas Olivier¹, Loïc Denis¹

¹Univ. Lyon, Université Jean Monnet Saint-Etienne, CNRS, Institut of Optics Graduate School, Laboratoire Hubert Curien UMR 5516, F-42023, Saint-Etienne, France

²PSI Center for Life Sciences, 5232 Villigen PSI, Switzerland

• “Comparaison d'algorithmes d'apprentissage profond pour la réduction du bruit de speckle en holographie numérique incluant des données d'entraînement et de tests partagés

Silvio Montrésor¹, Marie Tahon², Pascal Picart^{1, 3}

¹LAUM IAGS, UMR 6613, Le Mans Université, 72000 Le Mans, France

²LIUM , Le Mans Université, 72000 Le Mans, France

³ENSIM, Le Mans Université, 72000 Le Mans, France

• “Apprentissage profond pour la mesure et la correction de front d'onde en vue de l'imagerie d'exoplanètes"

Yann Gutierrez^{1, 2, 3}, Johan Mazoyer¹, Laurent Mugnier³, Olivier Herscovici-Schiller², Baptiste Abeloos²

¹ LIRA, Observatoire de Paris, Université PSL, CNRS, Sorbonne Université, Université de Paris, 92195 Meudon, France

²DTIS, ONERA, Université Paris Saclay, 91123 Palaiseau, France

³DOTA, ONERA, 92322 Châtillon, France

10h50-11h05 : Pause + Posters

11h05-12h05 : "Imagerie hyperspectrale II" - Chair : J. Fade

• “Spectral Imaging for Cultural Heritage: Past, Present, and Future”

Jon Y. Hardeberg^{1, 2}

¹ NTNU – Norwegian University of Science and Technology, Colourlab, Department of Computer Science, N-2815 Gjøvik, Norway

2 Spektralion AS, N-2815 Gjøvik, Norway

• “Pansharpening pour une caméra mono-pixel hyperspectrale"

Thomas Maitre¹, Elie Bretin², Michaël Sdika¹, Nicolas Ducros^1,3

¹INSA-Lyon, Univ. Claude Bernard Lyon 1, CNRS, Inserm, CREATIS UMR 5220, LYON, France

²INSA-Lyon, Univ. Claude Bernard Lyon 1, CNRS, Institut Camille Jordan UMR 5208, LYON, France

³Institut universitaire de France (IUF), France

• “Advancing Spectral Image Reconstruction"

Abdelhamid Fsian¹, Jean-Baptiste Thomas^{1, 2}, Jon Hardeberg², Pierre Gouton¹

¹Imagerie et Vision Artificielle (ImVIA) Laboratory, Université de Bourgogne, 21000 Dijon, France

²Colourlab, Department of Computer Science, Norwegian University of Science and Technology (NTNU),2815 Gjøvik, Norway

12h05-13h45 : Déjeuner

Vendredi 28 mars (après-midi) 

13h45-14h15 : "Imagerie computationnelle" - Chair :

• “Fast Brillouin Micro-Imaging based-on essential spectra and super-pixels”

Léo Brechet¹, Valentin Gilet¹, Matthieu Loumaigne², Nizar Bouhlel¹, Guillaume Mabilleau³, David Rousseau¹

¹Universite d'Angers, INRAe, Institut Agro Rennes-Angers, France

²MOLTECH-Anjou, UMR CNRS 6200, Universite d'Angers, Angers, France

³RMeS, REGOS, SFR ICAT CHU Angers, Universite d'Angers, Angers, France

• “Microscopie par ptychographie de Fourier avec correction de position"

Juliana do Nascimento Damurie da Silva¹, Patrick Horain¹

¹SAMOVAR, Télécom SudParis, Institut Polytechnique de Paris, 91120 Palaiseau, France

• “LSFM hyperspectrale structurée pour l'imagerie quantitative"

S. Crombez¹, C. Ray¹, C. Exbrayat-Héritier², F. Ruggiero^{1, 2}, N. Ducros^1,3

¹CREATIS UMR 5220, U1294, F-69621, Lyon, France

²Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon, Lyon, France

³Institut Universitaire de France, France

14h45-15h00 : Pause + Posters

15h00-16h00 : "Ondes et matière" - Chair :

• “Reconstruction de surfaces 3D par stéréophotométrie polarimétrique : Modélisation BRDF et correction des réflexions spéculaires"

Thomas Elsen¹, Jean Rehbinder¹, Yoshitate Takakura¹, Jihad Zalat¹

¹ICube, 300 Bd Sébastien Brant, 67400 Illkirch-Graffenstaden, France

• “Méthode NCi : une approche unique pour l'élastographie par résonance magnétique, ultrasonore et optique"

Nina Dufour¹, Maud Legrand¹, Emmanuel Martins Seromenho¹, Jean-Luc Gennisson², Simon Chatelin¹, Amir Nahas¹

¹University of Strasbourg, CNRS, Inserm, ICube, UMR 7357, Strasbourg, France

²BioMaps, University Paris-Saclay, CEA, CNRS UMR 9011, INSERM UMR 1281, Orsay, France

• “Reflectance Regression with synthetically generated multispectral data”

Edoardo Malaspina^{1, 2}, François Berry², Kamel Abdelouahab¹

¹SMA-RTY, 4 Avenue Blaise Pascal, 63178 Aubière, France

²Université Clermont Auvergne, 4 Avenue Blaise Pascal, 63178 Aubière, France

16h00 : Fin des JIONC

Liste des posters

• “Hyperspectral Tomographic Diffractive Microscopy: Research and Applications"

Leonardo Pestana Legori¹, Nicolas Verrier¹, Matthieu Debailleul¹, Olivier Haeberlé¹

¹IRIMAS UR7499, Université de Haute-Alsace, Mulhouse, France

• “Monte Carlo modeling of polarimetric images of white matter of brain tissue for neurosurgery (MCM-Brain)”

Meishu Wang^1,5, Sooyong Chae¹, Omar Rodriguez-Nunez², Christopher Hahne³, Éléa Gros⁴, Théotim Lucas¹, Theoni Maragkou⁴, Philippe Schucht², Richard McKinley³, Tatiana Novikova¹

¹Institut Polytechnique de Paris, École Polytechnique, CNRS, LPICM, Palaiseau, France

²Department of Neurosurgery, Inselspital, Bern University Hospital, University of Bern, Switzerland

³University Institute of Diagnostic and Interventional Neuroradiology, University of Bern, Inselspital,University Hospital, Switzerland

⁴Institute of Tissue Medicine and Pathology, University of Bern, Switzerland

⁵MOE Key Laboratory of Optoelectronic Imaging Technology and System, Beijing Institute of Technology, Beijing 100081, China

• “Reconstruction tomographique acousto-optique"

Lucas Duclos¹, Anne Louchet-Chauvet², François Ramaz², Jean-Luc Gennisson¹, Claude Comtat¹

¹Université Paris-Saclay, CEA, CNRS, INSERM, BioMaps, Service Hospitalier Frédéric Joliot, 91401 Orsay,France

²ESPCI Paris, Université PSL, CNRS, Institut Langevin, 75005 Paris, France

• “Optimisation conjointe d'un système optique et d'un filtre de déconvolution de Wiener moyen à partir d'un traceur de rayons différentiables"

Gabriel Pradat-Peyre¹, Alice Fontbonne¹, Guillaume Druart¹, François Goudail²

¹ONERA, DOTA, 6 chemin de la Vauve aux Granges, BP 80100, 91123 Palaiseau Cedex

²LCF Groupe Information & Image, 2 Av. Augustin Fresnel, 91120 Palaiseau, France

• “Microscopie tomographique diffractive à résolution isotrope assistée par miroir

Ulrich Agre¹, Hugues Giovannini¹, Patrick Chaumet¹, Guillaume Maire¹

¹Aix Marseille Univ, CNRS, Centrale Med, Marseille, France

• “Estimation non supervisée de surfaces pour l'imagerie de tissus biologiques courbes en microscopie de fluorescence"

Frédéric Galland¹, Loïc Le Goff^{1, 2}

¹Aix Marseille Univ, CNRS, Centrale Med, Institut Fresnel, Marseille, France

²Turing Center for Living Systems, Marseille, France

• “Imagerie Hyperspectrale pour la Segmentation Automatique des Tissus en Chirurgie Orthopédique"

Aya Hage Chehade¹, Nadine Abdallah Saab¹, Mohammed El Amine Bechar¹, Nesma Settouti¹, Olga Assainova¹, Chafiaa Hamitouche², Marwa El Bouz¹

¹LabISEN, ISEN Yncrea Ouest, Brest, France

²LaTIM, INSERM, UMR 1101 – ITI Department, IMT-Atlantique Bretagne – Pays de la Loire, France

• “Quantitative estimation ofretinal hemodynamics using Doppler holography"

Zacharie Auray¹, Yann Fischer¹, Olivier Martinache¹, Michael Atlan¹

¹Institut Langevin, CNRS UMR 7587, PSL University, ESPCI Paris, 1 rue Jussieu, 75005 Paris, France

• “Fused Polarimetric Hyperspectral High-Resolution Satellite Imaging For Enhanced Methane Detection Accuracy Through Aerosol Characterization"

Julien Chouillou¹, Wafaa Boudaid¹, Lucas Dubois¹

¹Satlantis France, 97 All. Théodore Monod, 64210 Bidart, France