Réunion

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Journées Imagerie Optique Non Conventionnelle - 15ième édition

Date : 11-03-2020
Lieu : Institut Langevin, 1 rue Jussieu, Paris 5e
Thèmes scientifiques :
  • B - Image et Vision

Nous vous rappelons que, afin de garantir l'accès de tous les inscrits aux salles de réunion, l'inscription aux réunions est gratuite mais obligatoire.


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Inscriptions

44 personnes membres du GdR ISIS, et 76 personnes non membres du GdR, sont inscrits à cette réunion.

Capacité de la salle : 150 personnes.

Annonce

La 15ième édition des « Journées Imagerie Optique Non-Conventionnelle » (JIONC) se tiendra dans les locaux de l'Institut Langevin, Paris 5e, les 11 et 12 mars 2020.

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Dernière minute: Tentative de vidéoconférence des JIONC (en complément du présentiel)

En raison des confinements imposés, et des contraintes de plusieurs participants prévus qui ont dû annuler leur venue en raison de la propagation de l'épidémie de Coronavirus, nous tenterons de mettre en place une diffusion live des JIONC sur l'outil Renater "Rendez-vous".

- La conférence sera accessible sur un navigateur internet simple
sans nécessiter d'installation de soft particulier.

- LE LIEN DE LA WEBCONFÉRENCE SERA COMMUNIQUÉ PAR MAIL SUR LA
MAILING-LIST DES JIONC ET DES INSCRITS À CHAQUE DÉBUT DE SESSION (POTENTIELLEMENT DIFFÉRENT APRÈS CHAQUE INTERRUPTION)

- Nous tenterons de diffuser les Slides de présentation sur un
premier canal: SLIDES JIONC2020

- Nous tenterons de diffuser une vue Webcam simultanée de
l'orateur et de l'écran sur un second canal: AMPHI JIONC 2020

- Nous tenterons de maintenir une écoute sur l'outil de "Chat"
afin de pouvoir relayer d'éventuelles questions distantes aux
orateurs.

- Pour un fonctionnement optimal, nous vous demandons de couper les
flux vidéo et audio (webcam et micro coupés) sortants depuis les
sites distants.

Il s'agit d'une solution de dernière minute, au résultat non
garanti étant donné les multiples contraintes (accès wifi, flux
renater, disponibilité des organisateurs, impossibilité de tester
avant demain matin...).

NOUS COMPTONS SUR VOTRE INDULGENCE SI CETTE SOLUTION NE PARVENAIT
PAS À DIFFUSER AVEC SUCCÈS LES JIONC À DISTANCE.

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À l'interface de l'optique et du traitement du signal/image, ces rencontres visent à réunir les acteurs nationaux (chercheurs, ingénieurs, académiques ou industriels) de ces différents domaines, afin d'échanger sur les plus récents développements de systèmes ou de traitements pour l'imagerie non-conventionnelle et d'évaluer leurs applications potentielles.

Nous proposons, cette année, une matinée de session spéciale sur le thème de « l'imagerie d'objets non résolus ».

Présentation de la session spéciale :

L'imagerie d'objets non résolus recouvre un large panel de techniques expérimentales exploitées en biologie, chimie moléculaire (PALM-STORM), médecine (ULM) ou en mécanique des fluides (PIV). La phénoménologie commune des images (superpositions de motifs élémentaires d'objets indiscernables) explique les similarités méthodologiques des traitements mis en oeuvre (variantes de l'algorithme CLEAN, approches parcimonieuses, ...) dans ces différents domaines applicatifs. L'objet de cette session spéciale est de réunir les acteurs de contributions méthodologiques (conception de systèmes d'imagerie, méthodes de reconstruction) pour échanger sur les problématiques et avancées d'intérêt commun.

Les contributions attendues sont de nature applicatives ou méthodologiques au sens large (algorithmes de calibrage, de traitement d'image, évaluation de performance par benchmarking, et la co-conception instrument/traitement d'image)

Cette session proposée et animée par F. Champagnat (ONERA-DTIS) et C. Soussen (L2S, CentraleSupélec) commencera par une conférence invitée de Daniel Sage (EPFL, Lausanne, Suisse) intitulée "Computational imaging: the quest of super-resolution in 3D fluorescence microscopy". Elle sera suivie de communications issues des contributions reçues pour cette session spéciale.

L'autre présentation invitée sera donnée par Virginie Chamard (Institut Fresnel, CNRS, Univ Aix-Marseille) sur la ptychographie rayons X pour l'imagerie 3D des biomatériaux.

Naturellement, comme chaque année, nous sollicitons également des propositions de communications de nature théorique et applicative, sur les thèmes suivants (liste non exhaustive) :

  • Modalités d'imagerie non conventionnelles
  • Conception d'imageurs innovants
  • Méthodes de traitement en imagerie non conventionnelle
  • Approches « problèmes inverses » pour l'imagerie
  • Imagerie biomédicale
  • Applications de ces systèmes d'imagerie

Comité d'organisation :

Julien Fade, Institut FOTON, tel: 02 23 23 52 15, julien.fade@univ-rennes1.fr

Corinne Fournier, Laboratoire Hubert Curien, tel: 04 69 66 32 61, corinne.fournier@univ-st-etienne.fr

Matthieu Boffety, Institut d'Optique - Lab. C. Fabry, tel: 01 64 53 32 98, matthieu.boffety@institutoptique.fr

Programme

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PROGRAMME

Mise à jour au 11 mars, 8h

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Mercredi 11 mars


9H30-10H00 : ACCUEIL + INTRODUCTION DES JIONC 2020

10H00-10H50 : CONFÉRENCE INVITÉE

« Achieving higher resolution in 3D fluorescence imaging: deconvolution microscopy and single-molecule localization microscopy »
Daniel Sage
Biomedical Imaging Group (BIG), École Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Lausanne,Suisse
? Résumé en fin de programme


10H50-11H30 : SESSION SPECIALE « IMAGERIE D?OBJETS NON RESOLUS » - PARTIE I : IMAGERIE DE PARTICULES

« ExPACO: détection de motifs spatialement étendus dans des images présentant un bruit non stationnaire corrélé »
Olivier Flasseur1,2, Loïc Denis1, Eric Thiébaut2, Thomas Olivier1, Corinne Fournier1
1Univ Lyon, UJM¬ Saint ¬Etienne, CNRS, Institut d?Optique Graduate School, Laboratoire Hubert Curien UMR 5516, Saint ¬Etienne, France
2Univ Lyon, Univ Lyon1, ENS de Lyon, CNRS, Centre de Recherche Astrophysique de Lyon UMR 5574, Saint¬Genis¬ Laval, France

« Problème inverse appliqué à la détection de particules pour la PIV »
Adam Cheminet1, Jean-François Krawczynski2, Philippe Druault2
1Université Paris-Saclay, CEA, CNRS, SPEC, Gif-sur-Yvette, France
2Sorbonne Université, CNRS, Institut Jean Le Rond d?Alembert, Paris, France

« Lagrangian Particle Image Velocimetry » [ANNULE]
Yin Yang1 , Dominique Heitz1,2, Etienne Mémin1,2
1INRAE, UR OPAALE, Rennes, France
2INRIA, Équipe Fluminance, Rennes, France

« Imagerie interférométrique de particules rugueuses irrégulières » [ANNULE]
Marc Brunel1 , Mohamed Talbi1, Barbara Delestre1, Michael fromager2
1UMR CNRS 6614 CORIA, Université de Rouen Normandie, Saint-Etienne du Rouvray, France
2UMR CNRS 6252 CIMAP, CEA, Ensicaen, Université de Caen, France

11H30-12H10 : SESSION SPECIALE « IMAGERIE D?OBJETS NON RESOLUS » - PARTIE II : SUPER-RESOLUTION

« Volumetric compressive fluorescence nanoscopy »
Payvand Arjmand1, Marco Pascucci2, Aditya Tripathi3, Ori Katz3, Valentina Emiliani2,4, Marc Guillon1,2
1Saints-Pères Paris Institute for Neurosciences UMR 8003, Université de Paris, Paris
2Neurophotonics Laboratory, CNRS UMR 8250, Université Paris Descartes, Paris
3Department of Applied Physics, The Hebrew University of Jerusalem, Israel
4Institut de la Vision, Sorbonne Université, Inserm S968, CNRS UMR7210, Paris, France

« Co-conception en imagerie PALM : comment imager dans les milieux épais ? »
Olivier Lévêque, Caroline Kulcsar, François Goudail
Université Paris-Saclay, Institut d?Optique Graduate School, CNRS, Laboratoire Charles Fabry, Palaiseau, France.

12H10-14H00 : DEJEUNER

14H00-15H00 : SESSION SPECIALE « IMAGERIE D?OBJETS NON RESOLUS » - PARTIE II : SUPER-RESOLUTION? SUITE

« Super-resolution approaches in photoacoustic imaging »
Bastien Arnal, Sergey Vilov, Guillaume Godefroy, Emmanuel Bossy
LiPhy, UGA, CNRS, Grenoble cedex 9, France

« Dépasser la limite de diffraction des imageurs passifs conventionnels ? »
Nicolas Ducros1, Aurélien Bourquard2,3
1Univ Lyon, INSA-Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, Inserm, CREATIS UMR 5220, U1206, Villeubanne
2Research Laboratory of Electronics, Massachusetts Institute of Technology Cambridge, USA
3Biomedical Image Technologies, Universidad Politécnica de Madrid and CIBER-BBN, Madrid, Spain

« Quelle est la taille d?une figure de diffraction ? Estimation du champ de vue et de la résolution en holographie sans lentille »
Ferréol Soulez
Univ. Lyon, ENS de Lyon, CNRS, Centre de Recherche Astrophysique de Lyon UMR5574, Saint-Genis-Laval, France


15H00-16H00 : IMAGE & SON

« Fourier-Transform Acousto-Optic imaging »
Maïmouna Bocoum1, Jean-Luc Gennisson2, Jean-Pierre Huignard1, Anne Louchet-Chauvet1, François
Ramaz1, Jean-Michel Tualle3
1Institut Langevin, Ondes et Images ? ESPCI Paris, PSL Research University, CNRS UMR 7587, Université Paris, Sorbonne, Paris, France
2BIOMAPS, laboratoire d?imagerie biomédicale multi-modale à Paris-Saclay, Université Paris-Saclay, CNRS, INSERM, CEA, Orsay, France
3Laboratoire de Physique des Lasers, CNRS, Université Paris 13, Sorbonne Paris Cité, Villetaneuse, France

« Élastographie quantitative en temps-réel par holographie numérique »
Agathe Marmin1, Stefan Catheline2, Amir Nahas1
1Laboratoire ICube,Université de Strasbourg, Strasbourg, France
2LabTAU, Inserm U1032, Lyon, France

« Imagerie de la diatténuation avec un microscope photoacoustique dans le domaine fréquentiel »
Bathilde Rivière, Olivier Hugon, Eric Lacot, Emmanuel Bossy, Olivier Jacquin
Laboratoire Interdisciplinaire de Physique, St Martin d?Hères, France

16H00-16H30 : PAUSE CAFÉ

16H30-? : SESSION POSTERS
Cf. Liste des posters en fin de programme



?

Jeudi 12 mars


09H00-09H50 : CONFÉRENCE INVITÉE

« X-ray Bragg ptychography: a new approach to help deciphering biomineralization pathways »
Virginie Chamard
Aix-Marseille Université, CNRS, Centrale Marseille, Institut Fresnel UMR 7249, Marseille, France
? Résumé en fin de programme [ANNULE]


09H50-10H50 : IMAGERIE HAUTE ENERGIE

« Application de méthodes de traitement en imagerie X par contraste de phase sur source de laboratoire : détection et correction d?artefacts d?extraction »
Georges Giakoumakis1,2, Jérôme Primot1, Cindy Bellanger1, Julien Jaeck1, Adrien Stolidi2
1ONERA, Palaiseau, France
2CEA, Gif-sur-Yvette Cedex, France

« Un opérateur proximal dédié à la tomographie spectrale, et son application dans une méthode one-step »
Frédéric Jolivet1, Clarisse Fournier1, Jérôme Lesaint2, Michel Garcin1, Andrea Brambilla1
1Univ. Grenoble Alpes, CEA, LETI, Grenoble, France
2CEA, CTREG, DGDO, Bouguenais, France

« Nouvelles possibilités d?imagerie à partir de la Tomographie Compton Circulaire »
Cécilia Tarpau1,2,3, Maï K. Nguyen1
1ETIS, CY Cergy Paris Université, ENSEA, CNRS UMR 8051, Cergy, France
2LPTM, CY Cergy Paris Université, CNRS UMR 8089, Cergy, France
3LMV, Université Versailles Saint Quentin, CNRS UMR 8100, Versailles, France

10H50-11H20 : PAUSE CAFE

11H20-12H20 : TRAITEMENTS POUR LA MICROSCOPIE

« Scans informés pour l'imagerie de tissus biologiques courbes »
Faris Abouakil, Frédéric Galland, Loïc Le Goff
Aix Marseille Univ, CNRS, Centrale Marseille, Institut Fresnel, Marseille, France

« Révéler l?ultrastructure fine du muscle par traitement computationnel d?images générées sans marquage par microscopie multiphotonique »
M. Chalvidal1, C. Lefort2, E. Chouzenoux1, J.-C. Pesquet1, L. Magnol3 et V. Blanquet3
Centre pour la Vision Numérique, CentraleSupélec, Inria Saclay, France
Institut de Recherche XLIM, Université de Limoges, UMR CNRS 7252, Limoges, France
INRAE, Université de Limoges, EA7500, USC1061 GAMAA, Limoges, France

« Machine-learning based bacteria segmentation tool agnostic to imaging modality »
Swapnesh Panigrahi, Tâm Mignot, Leon Espinosa
Laboratoire de Chimie Bactérienne, IMM, Marseille, France


12H20-14H20 : DEJEUNER








14H20-15H00 : IMAGERIE POLARIMETRIQUE

« Système d'imagerie par endomicroscopie polarimétrique de Mueller pour l'aide au diagnostic in vivo »
Colman Buckley1, Marc Fabert1, Damien Kinet2, Dominique Pagnoux1
1Université de Limoges, Xlim, UMR 7252, Limoges, France
2Université de Mons, Faculté Polytechnique, Mons, Belgique

« Mueller microscopy for tissue microstructural analysis » [ANNULE]
Hee Ryung Lee1, Shubham Chandel1, Pengcheng Li2, Ma Hui2, Christian Lotz3,4, Florian Kai Groeber Becker3,4, Sofia Dembski3,4, Enric Garcia-Caurel1, Razvigor Ossikovski1, and Tatiana Novikova1
1LPICM, CNRS, Ecole polytechnique, Instiut Polytechnique de Paris, Palaiseau 91128, France
2Tsinghua University, Department of Physics, Beijing, China
3University Hospital Würzburg, Dpt. of Tissue Engineering and Regenerative Medicine TERM, Würzburg, Germany
4Fraunhofer Inst. for Silicate Research ISC, Translational Center for Regenerative Therapies, Würzburg, Germany

« Imagerie polarimétrie active et sélective par brisure d?orthogonalité dans le proche infrarouge »
Jonathan Staes1, François Parnet1, Julien Fade1, Noé Ortega-Quijano1,2 and Mehdi Alouini1
1Univ Rennes, CNRS, Institut FOTON ? UMR6082, Rennes, France
2Deneb Medical S. L., San Sebastian, Spain


15H00-16H20 : IMAGERIE BIOMEDICALE

« Premières reconstructions super-résolues et sectionnées optiquement
en imagerie rétinienne par illumination structurée »
Y. Lai-Tim1,2, L. Mugnier1, F. Orieux3, R. Baena-Gallé4,5, M. Paques2, S. Meimon1
1DOTA, ONERA, Université Paris Saclay, Palaiseau, France
2CIC 503, INSERM, Quinze-Vingts Hospital, Paris, France
3L2S (Univ. Paris-Sud, CNRS CentraleSupélec, Université Paris-Saclay), Gif-sur-Yvette, France
4Instituto de Astrofísica de Canarias, La Laguna, Tenerife, Espagne
5Departamento de Astrofísica, Universidad de La Laguna, La Laguna, Tenerife, Espagne

« Compensation numérique d?aberrations en imagerie holographique de la rétine »
Julie Rivet1,2, Guillaume Tochon2, Serge Meimon3, Michel Paques4, Thierry Géraud2, Michael Atlan1
1Institut Langevin, ESPCI Paris, CNRS, PSL University, 1 rue Jussieu, Paris, France
2LRDE, EPITA, Le Kremlin-Bicêtre, France
3ONERA, Châtillon, France
4CHNO des Quinze-Vingts, Paris, France

« OCT confocale linéaire basée sur un interféromètre de Mirau à immersion »
Weikai Xue1, Olivier Levecq2, Jonas Ogien2, Arnaud Dubois1
1Université Paris-Saclay, Institut d?Optique Graduate School, CNRS, Laboratoire Charles Fabry, Palaiseau, France
2DAMAE Medical, Paris, France

« Non invasive retinal and choroidal blood flow imaging by laser Doppler holography »
Leo Puyo1, Mathias Fink1, Michael Atlan1, Michel Paques2, José-Alain Sahel2
1Institut Langevin, France
2CHNO des 15-20. France



LISTE DES POSTERS


01 - « Microscopie bimodale super-résolue en réflexion totale interne »
K. Affannoukoué1, G. Maire1, H. Giovanini1, A. Talneau2, P. Chaumet1, K. Belkebir1, A. Sentenac1
1Institut Fresnel, Aix-Marseille University, CNRS, Centrale Marseille, Marseille, France
2CNRS/C2N, Centre de Nanosciences et de Nanotechnologies, Marcoussis, France


02 - « Une nouvelle base de données multimodale, RGB et polarimétrique pour l?analyse de scènes routières. » [ANNULE]
Rachel Blin1, Samia Ainouz1, Stéphane Canu1, Fabrice Meriaudau2
1Normandie Univ, INSA Rouen, UNIROUEN, UNIHAVRE, LITIS, Rouen, France
2University of Burgundy, UBFC, ImViA, Le Creusot, France

03 - « Approche problème inverse pour la reconstruction d?hologrammes obtenus par interférométrie à décalage latéral »
Dylan Brault1, Thomas Olivier1, Corinne Fournier1, Arun Anand2
1Université Lyon, UJM St-Etienne, CNRS, Institut d?Optique, Laboratoire Hubert Curien, St-Etienne, France.
2Optics Laboratory, Applied Physics Department, Faculty of Technology & Engineering, Univ. of Baroda, India.

04 - « Set d?images multispectrales ReDFISh pour la conception de capteurs d?images silicium »
Axel Clouet 1,2, Jérôme Vaillant1, Célia Viola1
1Univ. Grenoble Alpes, CEA, LETI, DOPT, LIS, France
2Laboratoire de Psychologie et NeuroCognition, CNRS UMR 5105, Univ. Grenoble Alpes, Grenoble, France

05 - « 3D Ultrasound and Photoacoustic Imaging of vasculature using a sparse array in a chicken embryo model»
G. Godefroy, B. Arnal, S. Vilov, E. Bossy
Univ. Grenoble Alpes, CNRS, LIPhy, Grenoble, France

06 - « Reconstruction de vidéos compressives par réseaux de neurones récurrents »
Antonio Lorente Mur, Françoise Peyrin, Nicolas Ducros
Univ Lyon, INSA-Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, Inserm, CREATIS UMR 5220, U1206, Villeubanne

07 - « Photoacoustic and fluorescent microscopy through a multimode fibre using optical wavefront shaping »
Sylvain Mezil, Irène Wang, Philippe Moreau, Antonio M. Caravaca-Aguirre, Emmanuel Bossy
LIPhy, Université Grenoble Alpes, Saint Martin D'Hères, France

08 - « Microscopie interférométrique super résolue spatialement »
Stéphane Perrin, Sylvain Lecler, Paul Montgomery
ICube, CNRS - Université de Strasbourg - INSA, 300 Boulevard Sébastien Brant, Illkirch, France

09 - « Spectral Characterization of Optical Devices based on Fabry-Perot Interferometry: A physical model interpretation »
Daniele Picone1, Aneline Dolet1,2, Silvère Gousset3, Didier Voisin2, Mauro Dalla Mura1,4, Etienne Le Coarer3
1GIPSA-lab, Univ. Grenoble Alpes, CNRS, Grenoble Campus Saint Martin d?Hères, France
2UGA, CNRS, Institut des Géosciences de l?Environnement (IGE), Grenoble, France
3Institut de Planétologie et d?Astrophysique de Grenoble (IPAG), Saint Martin d?Hères (Grenoble), France
4WRHI, School of Computing, Tokyo Institute of Technology, Tokyo, Japan

10 - « Imagerie photoacoustique de la densité de vascularisation dans le ménisque »
Bathilde Rivière1, Olivier Jacquin1, Olivier Hugon1, Boudewijn Van der Sanden2, Eric Lacot1
1Laboratoire Interdisciplinaire de Physique, St Martin d?Hères, France
2TIMC-IMAG, La Tronche, France

11 - « Approches numériques et expérimentales pour la simplification des acquisitions en microscopie par tomographie diffractive »
Ludovic Foucault1, Asemare Mengistie Taddese2, Nicolas Verrier2, Matthieu Debailleul2, Jean-Baptiste Courbot2, Olivier Haeberle2
1Centre de recherche CERVO, Centre Inte?gre? Universitaire de Sante? et des Services Sociaux de la Capitale-Nationale, Que?bec, Canada
2Institut de Recherche en Informatique, Mathe?matiques, Automatique et Signal (IRIMAS UR7499), Universite? de Haute-Alsace, Mulhouse, France

12 - « Evaluation de la qualité des images holographiques traitées sans référence » [ANNULE]
Louiza Zizi1, Amina Serir2, Abdelhamid Kellou1
1Laboratoire Electronique Quantique, Faculté de Physique, USTHB, Alger
2Laboratoire traitement d?images et rayonnement faculté électronique USTHB, Alger

Résumés des contributions

Résumés des exposés :

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RESUMÉS DES CONFÉRENCES INVITÉES


Daniel Sage
« Achieving higher resolution in 3D fluorescence imaging: deconvolution microscopy and single-molecule localization microscopy »
Biomedical Imaging Group (BIG), École Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Lausanne,Suisse

Advanced microscopy techniques yield outstanding images (3D, time-lapse, multichannel), allowing one to address fundamental questions in developmental biology, molecular biology and neuroscience. Most of these techniques deploy computational methods that numerically reconstruct high-resolution or super-resolution images from the degraded measurements. A faithful reconstruction of a 3D image requires knowledge of the image acquisition model which mainly consists of the 3D point-spread function (PSF). In this presentation, I shall review two such techniques that highly rely on the PSF: 1) 3D deconvolution microscopy that helps to remove the out-of-focus and to improve the contrast of 3D images, and 2) 3D single-molecule localization microscopy that allows one to achieve super-resolution images (~25 nm in the lateral plane, ~75 nm in the axial direction). This presentation is based on our experience of organizing a grand challenge to benchmark a wide range of softwares on the same reference datasets.




Virginie Chamard
« X-ray Bragg ptychography: a new approach to help deciphering biomineralization pathways » [ANNULE]
Aix-Marseille Université, CNRS, Centrale Marseille, Institut Fresnel UMR 7249, Marseille, France

Biomineralization processes result in the production of outstandingly complex mineralized structures in living organisms (e. g., teeth, bones, shells, etc.). While they are still poorly understood to date, deciphering these mechanisms is of crucial importance: in materials science, it should provide bio-inspired strategies for the synthesis of nanostructured inorganic materials using soft chemistry and environmentally friendly processes; in paleoclimatology, strong impacts are also expected due to the use of biomineral proxies to perform paleoclimate reconstructions. On the contrary to the classical crystallization theory scheme, the production of most calcareous crystalline biominerals integrates several complex processes, likely based on the generic formation of a submicrometric granular structure. Hence, gaining access to the crystalline architecture at the mesoscale, i.e., over a few granules, is key to building realistic biomineralization scenarios. This is hindered by the difficulty to image complex crystalline materials at the nanoscale, one of today?s major challenges of nanoscience.
Answering this need would require a microscopy method combining sensitivity to the crystalline properties, 3D imaging capability, in situ compatibility and high spatial resolution. In this context, the recent advents of x-ray lensless imaging methods, based on Bragg coherent diffraction at third generation synchrotron sources, have opened promising perspectives, filling the gap between direct microscopies (AFM, SEM, TEM) and reciprocal-space based x-ray Bragg diffraction analysis. The decisive answer has been brought by 3D Bragg ptychography microscopy [2], which merges concepts developed in inverse microscopy and crystallography. This x-ray Bragg microscopy fully meets the requirements imposed by the structural investigation of biominerals.
In this presentation, the general concepts of Bragg ptychography will be detailed, illustrated by recently proposed developments [2-7]. I will further describe how Bragg ptychography can be exploited to bring new insights on the biomineral crystalline structure. Perspectives with respects to the understanding of the biomineralization mechanisms will be finally presented [8].
This project has received funding from the European Research Council (ERC) under the European Union?s Horizon H2020 research and innovation program grant agreement No 724881.

References
[1] M. A. Pfeifer, et al., Nature 442, 63 (2006). A. Ulvestad, et al., Science 348, 1344-1347 (2015).
[2] P. Godard, et al., Nature Communications 2, 568 (2011).
[3] P. Godard, et al., Optics Express 20, 25914 (2012).
[4] F. Berenguer, et al., Physical Review B 88, 144101 (2013).
[5] A. I. Pateras, et al., Physical Review B 92, 205305 (2015).
[6] V. Chamard, et al., Scientific Reports 5, 9827 (2015).
[7] S. O. Hruszkewycz, et al., Nature Materials 16, 244 (2017).
[8] F. Mastropietro, et al., Nature Materials 16, 946 (2017).