Gazette du GdR ISIS n°15 – 28 mai 2020

Editorial

Cher(e)s toutes et tous,

Le premier semestre de cette année aura été marqué par une crise sanitaire sans précédent. Les mesures de confinement et de distanciation sociale, ainsi que le besoin d’assurer la continuité de nos activités professionnelles depuis notre domicile, ont nécessité de réinventer le quotidien. Nos étudiants et nos collègues, ainsi que nos proches, ont été les témoins, mais aussi les cobayes parfois, de nos expérimentations pédagogiques dématérialisées, balbutiantes dans un premier temps. Notre engagement et notre inventivité ont permis d’explorer de nouveaux modes de travail collaboratif, d’affiner une nouvelle forme de pédagogie, et de tester les solutions techniques mises à notre disposition en situation de stress. Il ne fait aucun doute que, de ce scénario de mauvais film dont nous sommes devenus provisoirement acteurs malgré nous, nous avons su rapidement extraire une expérience riche et utile pour nos vies numériques dans le monde d’après.

Signe de sa vitalité et de sa grande capacité d’adaptation, très tôt le GdR ISIS s’est mobilisé et a renouvelé ses moyens d’action afin d’entretenir l’unité et le dynamisme de la communauté. En proposant chaque semaine des journées de 2 heures et demie (sic), il a souhaité accélérer le temps du confinement sans être trop intrusif. Le succès de ces parenthèses a été immédiat, toutes atteignant en quelques jours le nombre maximum de participants techniquement possible. Par leur fréquentation internationale, elles ont aussi permis de faire connaitre l’organisation singulière dont notre communauté tire en partie sa force. Si nombre de sujets techniques d’actualité ont été abordés lors de ces rendez-vous, il convient de souligner leur rôle de catalyseur dans la création et l’animation d’une nouvelle action Covid-19 soutenue par le GdR ISIS, à découvrir dans la suite de cette gazette. Nous en remercions chaleureusement les initiateurs et les participants pour leur réactivité et leur dévouement.

Les journées en ligne du GdR ISIS perdureront jusqu’à un retour, que l’on espère proche à présent, à des conditions sanitaires nominales qui nous permettront de nous réunir à nouveau. En attendant, le comité de direction s’associe à moi pour remercier l’ensemble des acteurs de la communauté qui ont consenti à l’animer au cours des derniers mois. Envisageons l’avenir ensemble, nous restons à l’écoute de vos propositions que nous nous efforcerons, comme d’habitude, de mettre en oeuvre.

Bien amicalement,

Cédric Richard,
Directeur du GdR ISIS


Actualités

Action Covid-19 du GdR ISIS

Dès le début de la crise sanitaire liée au Covid-19, le GdR ISIS a souhaité fédérer les chercheurs de la communauté image-vision-apprentissage désirant contribuer efficacement à la lutte contre cette pandémie. Deux réunions virtuelles ont été organisées durant la période de confinement, qui ont rassemblé un public nombreux.

La première réunion (16 avril 2020) a établi un panorama des initiatives pour l’aide au diagnostic du Covid-19 par l’imagerie médicale. Parmi les orateurs invités, Bertrand Thirion, directeur de l’Institut Data IA à Paris-Saclay, et membre du Comité d’Analyse Recherche Expertise (CARE) Covid-19, a présenté des outils d’IA contre le Covid-19. Stéphane Canu (LITIS, INSA Rouen) a établi un panorama des recherches contre le Covid-19 dans le domaine des sciences et technologies de l’information. Dr Guillaume Herpe, radiologue au CHU de Poitiers, a présenté le réseau d’imagerie Covid-19 de la SFR (Société Française de Radiologie), en tant que coordinateur de ce réseau.

La deuxième réunion (5 mai 2020) a été l’occasion de découvrir notamment les premiers résultats obtenus en prédiction, segmentation, et classification sur les images scanner, par des équipes françaises et internationales. Dinggang Shen, professeur au département de Radiologie et directeur du BRIC (UNC-Chapel Hill, USA) a présenté les toutes dernières applications de l’IA de son équipe, pour le diagnostic, la prédiction, et la comparaison longitudinale de patients atteints du Covid-19. Maria Vakalopoulou (Centrale Supélec) a présenté les résultats d’un collectif d’équipes françaises. Enfin, Alain Lalande (ImViA et CHU de Dijon) a également partagé le retour d’expérience d’un Datathon ScanCovid-IA, portant sur de la classification et la segmentation des images CT.

Dans ce cadre, le GdR ISIS joue un rôle, à la fois de mise en réseau des chercheurs de la communauté Image-Vision et Apprentissage, mais aussi de structuration des thèmes recherches sur le sujet, en augmentant la visibilité d’actions individuelles. Ces réunions et contacts au sein de notre communauté ont permis l’émergence d’un groupe de travail, et l’identification de 4 actions portant sur :

  1. la caractérisation précoce des patients Covid-19 par imagerie de ventilation. Cette action, proposée par David Sarrut (CREATIS) consiste à évaluer l’intérêt de nouvelles méthodes de calcul d’une image de ventilation, dite CTVI, quantifiant la répartition spatiale de la ventilation dans le poumon à partir de deux images scanner, acquises en blocage respiratoire. La répartition spatiale de la ventilation dans le poumon pourrait servir de biomarqueur dans le cadre du Covid-19.
  2. la prédiction d’évolution de la maladie à partir d’images scanner couplées à des données cliniques. La mission de cette action menée par Nicolas Thome (Cedric, CNAM) et Alain Lalande (ImVIA, Univ de Bourgogne) est triple et concerne le montage et le partage d’une base de données annotée avec la communauté nationale du GdR, et la proposition de solutions originales pour améliorer le diagnostic et pronostic sur les images scanner, mais aussi à l’aide de données hétérogènes, i.e. images CT et données cliniques.
  3. l’impact neurologique du Covid-19. Des manifestations neurologiques du Covid-19 ayant été rapportées, le but de l’action de Michel Dojat (Grenoble Institut des Neurosciences) est d’explorer les conséquences du Covid-19 sur le cerveau avec suivi longitudinal, grâce à la neuroimagerie  et la neuroinformatique.
  4. l’étude de la typologie de patients du Covid-19. Vincent Vigneron (IBISC, Evry), Jean-Philippe Conge et Omar Galarraga mènent cette action dont l’objectif est d’identifier le profil des patients susceptibles de développer une pathologie face au Covid-19, à l’aide de simulations d’évolution de l’épidémie, pour aider les autorités sanitaires à évaluer divers scénarios de dé-confinement.

Pour ces travaux, l’accès aux données est crucial, mais freiné par la législation sur les données personnelles préservant les patients. Un des objectifs du GT consiste à pouvoir partager une base de données avec la communauté nationale, pour fédérer et stimuler la mise en place de solutions originales pour répondre notamment à la tâche de pronostic. Les animateurs de l’action 2 sont en train de constituer une base de données contenant des images scanner (dont des CT-scan habituels, des CT scan acquis en fin d’inspiration, en fin d’expiration et CT scan angiographique), des données cliniques et annotations, qui seront stockées dans un centre de dépôt de données hébergeur au sein du laboratoire CREATIS.  Comme il n’est pas possible de diffuser directement les données sans contrôle à l’ensemble de la communauté, l’accès à cette base de données sera possible, pour les membres impliqués dans l’action, via la transmission des scripts d’entraînement et de test des modèles d’IA développés.

Aujourd’hui, ces quatre actions sont en cours et leurs retours à la communauté sont attendus dans les semaines à venir.

Caroline Petitjean, Maître de Conférence, LITIS, Université de Rouen
Carole Lartizien
, DR CNRS, CREATIS
Su Ruan, Professeure, LITIS, Université de Rouen
Nicolas Thome, Professeur, CNAM

Société savante AMIES

  • AMIES et l’Insmi lancent un appel à projet « Détection ; de la recherche mathématique à la valorisation socio-économique » qui vise à identifier les potentiels de valorisation socio-économique des laboratoires de l’Insmi. Il vise à identifier des résultats qui pourront par la suite entrer dans un processus de pré-maturation. Un financement, d’un  montant maximum de 5000€, pourra être utilisé pour : des indemnités de stages, des frais de fonctionnement et missions, l’achat / l’accès à des bases de données, le co-financement d’un événement innovant permettant de tester de façon concentrée le projet, le financement d’une expertise ponctuelle indispensable au projet.
    Le texte de l’appel est téléchargeable :
    https://www.agence-maths-entreprises.fr/a/sites/default/files/webform/Appel_detection_vfinale.pdf
    Les candidatures seront étudiées au fil de l’eau :
    https://www.agence-maths-entreprises.fr/a/?q=fr/node/937
  • Appel à candidature pour le prix de thèse AMIES 2020. Vous avez jusqu’au 3 juillet !
    Ce prix est destiné à récompenser un travail de thèse réalisé en partie en collaboration avec une entreprise et ayant directement des retombées pour celle-ci. Ce travail doit également être pertinent du point de vue de la recherche en mathématique. La thèse doit avoir été soutenue en France dans l’année civile précédant la remise du prix.
    Dépôt des candidatures : https://www.agence-maths-entreprises.fr/a/?q=fr/prix-de-these

Véronique Maume-Deschamps
Professeure, Université Claude Bernard Lyon 1
Directrice AMIES

GRETSI

La 28ème édition du colloque GRETSI se tiendra à Nancy, du mardi 31 août au vendredi 3 septembre 2021 au centre Prouvé.
https://www.grandnancy-congresetevenements.com/nos-equipements/le-centre-prouve/

David Brie, Professeur, Université de Lorraine, CRAN
Samson Lasaulce, Directeur de recherche CNRS

Académie des Sciences

Comme chaque année, l’Académie des sciences décernera en 2020 de nombreux prix, dont certains peuvent concerner la communauté ISIS. La liste des prix qui font encore l’objet d’appels à candidatures est accessible ici : https://www.academie-sciences.fr/fr/Prix-et-medailles/campagne-d-appels-a-candidatures.html et les nominations sont bienvenues.

L’Académie des sciences a par ailleurs procédé au début de l’année à une campagne d’élections qui a vu quatre scientifiques de renom rejoindre les rangs de ses membres. On trouve parmi ceux-ci Francis Bach, chercheur proche de la communauté ISIS, cf. https://www.academie-sciences.fr/fr/Communiques-de-presse/elections-membres-2020.html. Toutes nos félicitations !

Patrick Flandrin, CNRS, ENS de Lyon & Académie des sciences

Club EEA

Le Club EEA organise  « La semaine de l’EEA »  les  22, 23 et 24 juin 2020.

Le Club EEA vous invite à participer à des moments d’informations, d’échanges et de partage sur des sujets d’actualités, sous forme de courtes sessions à distance. Le programme détaillé sera transmis prochainement et publié sur le site web https://www.clubeea.org/.

Didier Vray, Professeur, INSA de Lyon, CREATIS

Chapitre IEEE France

Chers membres du Chapitre Signal Processing de la Section IEEE France,

Nous vous adressons ce message afin de vous informer la labellisation de 4 événements qui auront lieu en France cette année. Du fait de la situation actuelle, ces évènements ont été reportés par rapport aux dates prévues initialement.

Nous vous rappelons qu’il est toujours possible d’inviter des « Distinguished Lecturers » dans le cadre de journées du GdR ISIS ou d’évènements scientifiques qui ont lieu en France et ouverts à la communauté. Etant donné la situation actuelle, il est possible de solliciter un DL pour un talk en visioconférence.
La liste des DL est disponible ici : https://signalprocessingsociety.org/professional-development/distinguished-lecturers

William Puech, Président du Chapitre France IEEE SPS
Rémy Boyer, Secrétaire du Chapitre France IEEE SPS
Cédric Demonceaux, Trésorier du Chapitre France IEEE SPS


Activités du GdR ISIS

Réunions programmées

Les informations sur ces réunions et les liens d’inscription sont à retrouver sur le site du GdR ISIS.

Comptes-rendus récemment publiés

Comptes-rendus des réunions d’animation, accessibles uniquement aux utilisateurs identifiés sur le site, à partir de cette page.


Dans le kiosque d’annonces du GdR ISIS

Propositions de postes

Postes d’enseignants-chercheurs

Postes de chercheurs

Post-doctorants

Postes d’ATER

Sujets de thèses

Postes d’ingénieurs

Offres de stages

Autres propositions

Evénements

Appels à projets

Annonces de conférences

Ecoles thématiques

Publications

Les commentaires sont clos.